分子實(shí)驗(yàn)需要盡量減少甚至是避免核酸污染。用德國(guó)MB公司生產(chǎn)的核酸污染祛除試劑——PCR Clean™，即用型噴霧劑，可有效地降解大多數(shù)表面上（輕質(zhì)金屬或有色金屬除外）的擴(kuò)增子，質(zhì)粒或基因組DNA和RNA。該產(chǎn)品還能有效地去除DNA酶和RNA酶。

DNA甲基化、組蛋白修飾和核小體組成是表觀遺傳的關(guān)鍵決定因素，負(fù)責(zé)異染色質(zhì)形成和轉(zhuǎn)座子沉默，從而有助于基因組的穩(wěn)定性。DNA甲基化1 (DDM1)的減少是在擬南芥DNA甲基化缺失的遺傳篩選中發(fā)現(xiàn)的，它編碼一種保守的snf2樣染色質(zhì)重塑atp酶，這是DNA和組蛋白甲基化所必需的。在E3泛素連接酶VIM1(甲基化1的變體)突變體中觀察到CG和非CG DNA甲基化的類(lèi)似減少，而在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶MET1突變體中觀察到CG甲基化的類(lèi)似減少。在哺乳動(dòng)物中，利用DDM1同源基因LSH/HELLS(淋巴細(xì)胞特異性解旋酶)、VIM1同源基因UHRF1(泛素樣蛋白，具有PHD和無(wú)名指結(jié)構(gòu)域1)和MET1同源基因DNMT1，已經(jīng)描述了平行網(wǎng)絡(luò)。

核小體組裝(用1.6轉(zhuǎn)的dsDNA包裹H2A/H2B/H3/H4八聚體核心)在DNA復(fù)制之后，從H3/H4四聚體開(kāi)始，導(dǎo)致組蛋白伴侶ca -1(染色質(zhì)組裝因子1)沉積標(biāo)準(zhǔn)組蛋白H3.1，隨后添加兩個(gè)H2A/H2B二聚體。典型組蛋白隨后被組蛋白H3.3和H2A取代。轉(zhuǎn)錄基因Z。這種替代需要SNF2家族蛋白EP400和Chd1對(duì)核小體進(jìn)行重塑，它們通過(guò)DNA易位改變核小體的定位，并促進(jìn)組蛋白H3.3和H2A。核小體解包裹和組蛋白交換引起的Z沉積。像其他Snf2重塑子一樣，Chd1在組蛋白H3的第一個(gè)α -螺旋以及H4尾部結(jié)合核小體，并通過(guò)扭曲DNA誘導(dǎo)每個(gè)ATP周期1bp的易位。EP400的n端也與H2A結(jié)合。Z/H2B二聚體，促進(jìn)交換。Snf2活性對(duì)基因和其他染色體區(qū)域的特異性是由組蛋白修飾的識(shí)別所賦予的，這兩種修飾都是由重塑者本身以及輔助因子決定的。

DDM1不是促進(jìn)轉(zhuǎn)錄，而是促進(jìn)沉默，并且DDM1的atp酶和核小體重塑活性已在體外得到證實(shí)，但僅在昆蟲(chóng)細(xì)胞中表達(dá)時(shí)。這些活動(dòng)需要額外的HELLS輔助因素。ddm1依賴(lài)的DNA甲基化僅限于中心周?chē)惾旧|(zhì)和沿染色體臂分散的轉(zhuǎn)座元件。

在ddm1突變體中，這些區(qū)域失去DNA甲基化和相關(guān)的組蛋白H3賴(lài)氨酸-9二甲基化(H3K9me2)重要的是，當(dāng)DDM1恢復(fù)時(shí)，只有這些差異甲基化區(qū)域(DMRs)的一部分重新獲得DNA甲基化，這表明DDM1是表觀遺傳所必需的。因此，假設(shè)DDM1重塑異染色質(zhì)核小體以促進(jìn)DNA甲基轉(zhuǎn)移酶進(jìn)入異染色質(zhì)。在擬南芥的ddm1突變體和小鼠的Lsh突變體中，核小體的DNA甲基化丟失，但連接體DNA沒(méi)有甲基化，這與這一觀點(diǎn)一致。擬南芥異染色質(zhì)包括特定的組蛋白變體，即H3.1、H2A。W(類(lèi)似于macroH2A)、連接蛋白H1以及特定的組蛋白修飾，包括H3K27me1、H3K9me2和去乙酰化組蛋白H3和H4。

DDM1和LSH一樣，影響了大部分(如果不是全部的話)這些異染色質(zhì)特異性變異和修飾，但這些多效性作用的機(jī)制尚不清楚。研究人員希望確定DDM1識(shí)別和重塑異染色質(zhì)的機(jī)制，以及這如何有助于表觀遺傳。

相關(guān)研究發(fā)表在《Cell》上，文章標(biāo)題為：“Chromatin remodeling of histone H3 variants by DDM1 underlies epigenetic inheritance of DNA methylation"。

研究人員發(fā)現(xiàn)DDM1促進(jìn)H3.1取代組蛋白變體H3.3。在ddm1突變體中，DNA甲基化通過(guò)H3.3伴侶HIRA的缺失而部分恢復(fù)，而H3.1伴侶ca -1則變得很重要。具有變異核小體的DDM1在3.2 ?處的單粒子冷凍電鏡結(jié)構(gòu)顯示與組裝所需殘基附近的組蛋白H3.3和未修飾的H4尾部結(jié)合。n端自抑制結(jié)構(gòu)域抑制活性，而解旋酶結(jié)構(gòu)域的二硫鍵支持活性。DDM1在細(xì)胞周期中與H3.1和H3.3共定位，并與DNA甲基轉(zhuǎn)移酶MET1Dnmt1共定位，但被H4K16乙酰化阻斷。雄性種系H3.3變體MGH3/HTR10抵抗DDM1重塑，并在精子細(xì)胞中作為表觀遺傳的占位核小體。