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如何繪制與疾病嚴(yán)重程度相關(guān)的病毒蛋白

更新時間:2021-07-09  |  點擊率:847

一組艾滋病研究人員,細(xì)胞生物學(xué)家和生物物理學(xué)家共同支持COVID-19科學(xué),他們確定了冠狀病毒蛋白的原子結(jié)構(gòu),認(rèn)為該蛋白有助于病原體逃避和抑制人類免疫細(xì)胞的反應(yīng)。結(jié)構(gòu)圖-現(xiàn)在發(fā)表在PNAS雜志上,但自8月以來一直為科學(xué)界開放使用-為專門針對SARS-CoV-2量身定制的新型抗病毒治療奠??定了基礎(chǔ),并使得能夠進(jìn)一步研究新出現(xiàn)的病毒破壞了人體。

 

“使用X射線晶體學(xué),我們建立了ORF8的原子模型,并突出顯示了兩個*的區(qū)域:一個僅存在于SARS-CoV-2及其直接的蝙蝠祖先中,另一個不存在任何其他冠狀病毒。”加州大學(xué)伯克利分校教授,勞倫斯伯克利國家實驗室(伯克利實驗室)的前任科學(xué)家詹姆斯·赫里(James Hurley)說。“這些區(qū)域穩(wěn)定了這種蛋白質(zhì),這種蛋白質(zhì)是一種分泌性蛋白質(zhì),不像病毒的特征性突突蛋白質(zhì)那樣與膜結(jié)合,并創(chuàng)造了新的分子間界面。我們和研究界的其他人認(rèn)為,這些界面參與了某種程度上引起反應(yīng)的反應(yīng)。 SARS-CoV-2的病原性比其進(jìn)化株高。”

聚焦結(jié)構(gòu)生物學(xué)

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)圖的生成總是很費力的,因為科學(xué)家們必須設(shè)計細(xì)菌,這些細(xì)菌可以抽出大量分子,將分子操縱為純晶體形式,然后對晶體進(jìn)行許多X射線衍射成像。這些圖像-由X射線束反射出晶體中的原子并穿過晶格中的縫隙,產(chǎn)生斑點圖案產(chǎn)生-通過特殊軟件進(jìn)行組合和分析,以確定每個原子的位置。根據(jù)蛋白質(zhì)的復(fù)雜程度,這一艱苦的過程可能需要數(shù)年時間。

對于許多蛋白質(zhì),通過將未溶解分子的結(jié)構(gòu)與其他具有相似氨基酸序列的蛋白質(zhì)(已作圖)進(jìn)行比較,可以幫助構(gòu)建圖譜。科學(xué)家可以對蛋白質(zhì)如何折疊成3D形狀做出明智的猜測。

但是對于ORF8,團(tuán)隊必須從頭開始。ORF8的氨基酸序列與其他蛋白質(zhì)*不同,因此科學(xué)家對其整體形狀沒有參考,而蛋白質(zhì)的3D形狀決定了其功能。

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來源:生物幫

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